中华人民共和国联合国教科文组织全国委员会秘书处设在教育部，负责协调中华人民共和国联合国教科文组织全国委员会各委员单位及其他部门、机构与联合国教科文组织开展教育、科技、文化等方面的合作与交流；负责与联合国教科文组织总部、各地区办事处以及各会员国全国委员会的联系与交流。