在博士研究生教育体系中，教师的国际竞争力、研究课题方向、生源质量以及合理的资助体系是影响学校培养能力和学生培养质量的重要因素。我校在改革中着力布局谋划，通过建立合理的资助体系，引导资源的合理配置，促进良性运行机制的形成，使得研究方向、学术水准、项目和经费等方面有机结合形成合力，最终达到提升学生培养质量和学校培养能力的目标。因此，资助体系改革成为北京大学博士研究生教育综合改革的关键切入点。
1.完善相关制度，保障改革顺利实施
为保障改革的顺利实施，我校起草和修订了一系列文件，包括《北京大学博士研究生资助体系改革实施办法》《北京大学博士研究生岗位奖学金管理办法》《北京大学课程助教管理办法》《北京大学研究生学业奖学金管理办法》《北京大学校长奖学金管理办法》和《北京大学研究生指导教师管理办法》等，修订《北京大学研究生手册》，形成了全面的制度体系，为改革的落实提供了制度保障。
2.改变预算方式，从平均的按人进行预算转变到按奖学金、助教、助研等岗位进行预算
奖学金资源的分配与学校的教学、科研、学科特点和学校管理紧密结合。我校根据教学的情况来设置助教岗位，根据学生思想政治工作的要求设置学生兼职辅导员岗位，根据课题经费状况配置助研岗位。针对不同学科特点，通过设置奖学金岗位进行资源的调整和配置。
3.统筹使用各类资源，包括国拨经费、校级资金、科研项目劳务费、捐赠资金等
经费统筹后，提高了资金使用效率，部分院系在学校预算标准的基础上，增加了进行统筹的经费，提高了岗位奖学金标准，有利于博士研究生资助水平的进一步提高。奖学金、助教、学生兼职辅导员岗位由学校承担经费。助研岗位奖学金则由院系筹资或导师使用科研经费设置，促使院系和导师在招生、培养等过程中承担更多责任。2018年，我校还尝试将捐赠资金纳入岗位奖学金体系、以冠名奖学金的方式统筹管理。
4.逐步取消原来分项设置的各类奖助学金，设置“博士生岗位奖学金”体系
统一的岗位奖学金体系避免了奖助学金分项设置、多头管理，研究生之间收入差距大的问题。博士生通过承担岗位责任，培养责任意识，提升综合素质。通过承担助教工作，提升未来教书育人的素质能力。助研工作，除了做科研之外还要承担课题组的管理和服务的任务。学生兼职辅导员工作，可以在学生工作中发挥朋辈教育在学校思政工作中的作用。以助教的培训、评估、管理，促进全校教学质量的提升，特别是对正在开展的本科教学改革具有重要的意义。
5.全面改造管理系统，保障改革方案落实
与改革方案同步，我校启动了管理系统的规划建设和全面改造，建立了与博士生岗位奖学金相关的预算、评定发放和经费统筹管理体系，并实现了与财务系统的数据共享与功能对接，形成了统一的经费管理和发放平台。整体上实现奖助不同子系统在各项业务内容上的多线交叉运行模式。
6.探索建立研究生招生计划与培养需求自洽的名额分配机制
资助体系的岗位核算与招生名额分配紧密结合。院系和导师在考虑其招生计划时，会同时考虑其培养成本、学科发展需求和生源质量等。如果院系没有足够的经费支持设立助研岗位，则减少其招生计划。对于已经招收的学生，由学校补足资金，并在下一年度调减相应院系招生计划，使得资源配置更好地服务学校人才培养目标和教学科研工作，起到了引导资源合理流动的作用。
博士生资助体系改革不是仅仅涉及学生的资助问题，而是一项机制体制的改革。改革的实施触碰到了学校教学、科研、人才培养的方方面面。北京大学希望通过改革形成良性的系统，能够促进老师关注学生，激发老师和学生在培养过程中产生更多的能动性，最终提高人才培养质量和学校的培养能力。