复旦大学全面对接学校“双一流”建设目标，推出以“一个体系建设、四大板块改革、五项机制创新”为核心内容的博士研究生教育综合改革方案。一个体系建设，即：构建“科教融合协同育人体系”。四大板块改革，具体包括：强化思想引领，培育科学精神；科研促质量，重点是立足高水平科研，培养高水平人才；导师促质量，重点是强化导师第一责任人职责，通过导师的生源物色、科研资助和成长关心，提升博士研究生培养质量；夯实奖助保障基石，重点是通过奖助体系改革，提高博士研究生待遇，给予一流的研究生一流的待遇。五项机制创新，即：创新学科形成促进机制、创新人才选拔机制、创新分类培养机制、变革课程创新机制、创新质量保障机制。按照上述改革方案，学校推行了一系列改革举措。限于篇幅，下面重点列举2项改革举措。
一、加强思政教育，强化思想引领
创新思政教育形式，全面推进“课程思政”教育工作。打造了复旦大学研究生“我的新时代”《五四演讲比赛》、《中国道路大讲堂》、《大师面对面》等品牌项目；多措并举加强科学道德和学风建设。举办系列专题讲座，启动“研究生科学道德和学风教育配套专著及系列教材”编写计划，已编写出版《研究生学术行为规范读本》、《研究生学术道德案例教育读本》、《研究生学术道德案例教育百例》3本专著，2019年内再出版《研究生学术道德与规范百问》、《研究生导师学术行为规范读本》2本专著及若干《研究生学术规范与职业伦理》类课程教材。相关工作受到教育部等上级部门肯定，教育部网站对此刊发专文报道；大力弘扬科学精神。为激发研究生科学潜能、弘扬科学精神，学校论证设立了“未来学者计划”。
二、对接上海科创中心建设，立足高水平科研培养高水平人才
2016年2月，发展改革委和科技部批复同意建设上海张江综合性国家科学中心。2018年8月，上海市人民政府办公厅印发《上海科技创新中心建设近期重点工作安排》，明确“推进复旦大学张江校区转型，年内启动建设”，以此支持复旦大学全面参与“上海张江综合性国家科学中心”建设工作。以此为契机，学校全面启动张江复旦国际创新中心建设，重点实施国际人类表型组重大科学计划、微纳电子与量子国际创新中心、脑与类脑智能国际创新中心等大科学计划，为高水平博士研究生培养创造优秀平台。
实现科教融合协同育人的关键是要强化科研育人，要将博士研究生培养与高水平科研工作和科技创新更加紧密地结合起来。为此，学校通过综改，将博士生招生名额和政策资源优先向上述高水平科研创新平台倾斜，依托平台高水平科研工作，提升博士研究生培养质量。为进一步展开立足高水平科研培养高水平人才的探索，学校全面对接上海科创中心建设，论证提出“上海科创中心拔尖人才培养计划”，内容涵盖“卓越博士生科研促进计划、卓越研究生导师团队计划、前沿与交叉科学领域博士生探索计划、新工科研究生课程体系创新计划、重大国际科研合作项目研究生交流资助计划、杰出博士生青年科学家荣誉计划”六大专项计划，形成博士拔尖人才创新培养体系。其中，卓越博士生科研促进计划一个重要导向是“夯实奖助保障基石，给一流的研究生一流的待遇”。通过加大对优秀博士生和优质博士生科研项目的资助力度，进一步激发博士生的科研创新活力。
通过一年的试点推进，复旦大学研究生教育综合改革取得了一定成绩，但距离改革目标的实现还有较大距离，2019年学校将进一步着力把改革推向深入。