一流人才培养是一流大学的根本使命，也是衡量一流学科建设水平的重要标志。围绕着立德树人这一根本任务，厦门大学坚持思想教育引领和科教融合相结合，以提升质量为主线，多措并举推进博士生教育综合改革，取得了明显成效。
坚持思想引领，构建博士生思想政治教育工作大格局。一是实施“专题讲座+专题研究+社会实践”三结合的思想政治理论课程教学改革，将博士生参加社会实践纳入培养方案，有效推动习近平新时代中国特色社会主义思想内化于心、外化于行。二是积极推动课程思政，严格课程教学管理，严把任课教师、教学大纲、教材选用的“三关”审核，确保思政课程与课程思政同向同行。三是修订《博士研究生申请考核工作指导意见》《研究生硕博连读实施办法》《课堂教学基本规范》《研究生课程教学管理办法》等近20个管理条例，把立德树人要求作为选才、育才的第一标准，贯穿于研究生培养管理各个环节。四是强化实践育人，实施“田野调查”资助制度，推动博士研究生扎根中国大地，深入企业、田间、社会基层，开展原创性、接地气的学术研究，引导博士生自觉坚定“四个自信”，增强“四个服务”意识。五是推动科研育人，在全校范围内全面开展学术诚信教育，将学术规范和学术道德教育作为研究生必修环节，建立集教育、预防、监督、惩治于一体的学术诚信体系。
坚持科教结合，构建寓教于研的高水平人才培养新体系。一是打破原有学科行政组织体系，推动跨学科交叉培养人才。学校规划建设11个交叉融合学科（群），凝练100个重点研究领域、发展方向和重大选题，涵盖了31个博士一级学科，形成了不同学科优势互补、交叉渗透的人才培养新机制。二是组织酝酿实施“优秀博士生培育计划”，优先支持在一流学科，遴选一流导师、选拔优秀学生、提供一流环境，按照个性化、国际化以及科教融合原则，推动优秀的博士研究生与一流的导师和科研相结合。三是推进创新创业教育与研究生培养深度融合。积极组织研究生参加“中国研究生创新实践系列大赛”等系列全国性、行业性重大主题赛事，尤其在第四届全国“互联网+”大学生创新创业大赛中，由研究生牵头项目累计获得全国金奖6项、银奖2项，其中1个项目荣获全国亚军称号。四是积极推进国际与国内培养深度结合。按照强强联合、优势互补的原则，依托国家留学基金委创新型人才国际合作培养项目，以高水平科研合作为纽带，分别在化学、统计学、数学等学科建立了从硕士、博士到博士后、教师的多层次全方位国际合作人才培养新模式。
坚持标准先行，构建全流程的博士生质量保障新机制。一是建立多元的课程质量评价机制。学校坚持边研究边实践，先行在研究生一级学科必修课程开展评估试验，形成了一级学科课程评估工作方案。在此基础上，按照以评促建、以评促研、以评促改的原则，从专家听课、学生访谈、调查问卷和查阅教学档案等多维度多视角全面评价研究生课程质量，形成了学生评价、校内同行评价、校外专家评价等多元结合的课程评价机制。截止目前，完成对全校160余门研究生一级学科必修课自我评价，累计组织1万余名研究生参与问卷调查，组织30余场专题访谈会，建立了“自我诊断—自我检查—自我反馈—自我整改”的课程质量提升长效机制。二是遵循研究生教育规律，建立严格的博士生中期考核分流机制。按照多元选拔与严格淘汰相结合原则，从2014级开始，在全校范围内推行博士生中期考核分流。经过四年的实践探索，这一制度不断成熟完善并成为学校博士生培养的重要环节，参加中期考核的博士生第一轮考核未通过率达到15%以上，有力地保障了博士生培养质量。三是健全一级学科研究生培养指导委员会和研究生教育指导小组等学术组织，赋予他们在研究生课程设置、培养方案审定、毕业论文答辩等学术质量监控职能，加强论文开题、预答辩、答辩、送审、抽检等质量监管，建立了从课程教学到科研训练、从研究工作到论文写作的全过程质量监控体系。